Pendidikan Magister Bioteknologi Universitas Andalas bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kualifikasi sebagai berikut :

1. Beriman dan bertaqwa kepada Tuban Yang Maha Esa, berjiwa Pancasila dan memiliki integritas kebangsaan yang tinggi.
2. Mempunyai kemampuan mengembangkan konsep baru di dalam bidang ilmu melalui penelitian dalam Bioteknologi, terutama bidang sumber daya alam.
3. Mempunyai kemampuan melaksanaka, mengorganisasikan, dan memimpin program penelitian dalam Bioteknologi.
4. Mempunyai kemampuan melakukan pendekatan interdisipliner bagi penerapan keahliannya secara profesional dalam Bioteknologi.