Program Studi Ilmu Pertanian merupakan salah satu Program Doktor (S3) pada Program Pascasarjana Universitas Andalas Padang. Program ini mendapat ijin penyelenggaraan pada tahun 1999 melalui SK Dirjen Dikti Nomor 243/DIKTI/Kep/1999, kemudian mendapat ijin perpanjangan dengan SK No.65/DIKTI/KEP/2007 tanggal 2 April 2007, serta mendapat Akreditasi B tahun 2015 dari BAN-PT dengan nomor SK No. 790/SK/BAN-PT/Akred/D/VI/2015

Program ini didirikan sebagai jawaban terhadap tuntutan masyarakat untuk ikut serta berperan meningkatkan kualitas sumberdaya manusia baik sebagai dosen, peneliti, maupun tenaga profesional lainnya yang semakin tinggi selaras dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang ilmu pertanian. Melalui peningkatan sumberdaya manusia tersebut, permasalahan-permasalahan yang berkaitan dengan bidang pertanian dan peternakan di daerah tropis diharapkan dapat terselesaikan dengan baik dan bijak. Disamping itu, lulusannya dapat berperan aktif dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan jaringan kerjasama akademik secara nasional maupun internasional.

Sejak dibukanya penyelenggaraan pendidikan Program S3 Ilmu Pertanian hingga akhir tahun 2015, Program Doktor Ilmu Pertanian telah menerima lebih dari 300 mahasiswa dan meluluskan lebih dari 200 orang Doktor Ilmu Pertanian untuk berbagai pemusatan, seperti Agronomi, Tanah, Hama Penyakit Tumbuhan, Ilmu Peternakan, Teknologi Industri Pertanian serta Pembangunan Pertanian.